代田教会は、日本基督教会世田谷伝道所（1931年に三原一生牧師が現在の世田谷代田の地に伝道を開始）と日本基督教会上智(あげち)伝道所（1931年に小川治郎牧師が渋谷区上智に伝道を開始）とが合併して、1938年2月20日に設立されました。

1941年に日本のプロテスタント諸教派が合同して日本キリスト教団 が組織されたのにともない、日本キリスト教団所属の教会となりました。

また、戦後、この地域に教育の面において仕えることを願って、代田教会附属幼稚園を開設し、1949年1月31日に設立が認可され、東京都公認の幼稚園となりました。それ以来、キリスト教信仰に基づく幼児教育が今日までつづけられ、3000名を越える卒園生を送り出してきました。

小川治郎牧師（1938年～1976年）、北島敏之牧師（1976年～2000年）に続いて、2000年4月に平野克己牧師が主任牧師として着任。また、歴代の牧師たちは附属幼稚園の園長を兼務してきました。